שמירת טבע – זוהי המטרה העיקרית שלשמה פועל מרכז הצפרות. במסגרת זו פועל המרכז למען שמירה ושיקום של בתי גידול חשובים לציפורים (IBA-Important Bird Area), פיתוח תוכניות ממשק לשטחים פתוחים וכן תוכניות לשימור מינים נדירים ונכחדים. עד כה הצליח מרכז הצפרות לקדם תכניות רבות שחלקן כבר מיושמות וחלקן יבוצעו בעתיד, בין הישגיו המרשימים ניתן למנות תוכניות לשימור המינים: בז אדום, עגור אפור, חובארה, דורסי יום ועוד.
חינוך ומודעות ציבורית – מרכז הצפרות פועל להעלאת נושא הצפרות על סדר היום הלאומי וכן לקידומה של ישראל כמעצמת תיירות אקולוגית. כמו כן מפתח המרכז פרויקטים חינוכיים בנושאי ציפורים ושמירת טבע לבתי ספר ולקהילה.
מחקר – מרכז הצפרות מבצע סקרים ומחקרים בתחום העופות. מרבית פעילויות המרכז מבוססות על מחקרי עופות הכוללים ביצוע סקרים וניטור של נדידת העופות, סקרי חריפה וקינון וחקר היחסים שבין האדם והטבע. בין היתר מפעיל המרכז את סקר נדידת הסתיו של העופות הדואים, המבוצע ברציפות החל מתחילת שנות השמונים.
שיתופי פעולה – מרכז הצפרות פועל ביחד עם ארגונים מקומיים, ארציים ובינלאומיים למען קידום נושאים הקשורים לשמירת טבע. מרכז הצפרות פועל ביחד עם חיל האוויר הישראלי לצמצום מספר התאונות בין מטוסים לעופות, הוא משתף פעולה עם ארגונים חקלאיים לצמצום קונפליקטים הנוצרים בין טבע לחקלאות ולעידוד חקלאות ידידותית לסביבה. 
תיירות טבע – מרכז הצפרות מנצל את הידע הרב שנצבר במהלך השנים כמנוף לפיתוח תיירות טבע. המרכז עוסק בפיתוח שירותי תיירות ייחודיים לצפרים.וכן ביצירת תשתית מתאימה לצפרות הכוללת פארקים, מסלולי הליכה ומחבואים לצפייה בציפורים. כמו כן מפיק המרכז טיולים, אירועים וימי עיון הפתוחים לקהל הרחב.
בעשרים וחמש שנות פעילותו הפך מרכז הצפרות את תחום הצפרות למושא עניין מרכזי עבור רבבות מאזרחי ישראל. בעקבות פעילותו נחשבת כיום ישראל למעצמת צפרות מפותחת ומובילה.